鹽酸聚六亞甲基雙胍中的甲基胍本身具有很高的活性，使聚合物呈正電性，容易被細菌、病毒所吸附，從而抑制了細菌、病毒的分裂功能，使其喪失繁殖能力，而且聚合物的形成堵塞了微生物的呼吸通道，使微生物窒息而死。

用β-半乳糖苷酶活性分析、異硫氰酸熒光素酯共焦激光掃描顯微鏡、自動掃描電子顯微鏡和透射電子顯微鏡等方法研究聚六亞甲基胍鹽酸鹽對大腸埃希菌細胞膜損傷機制，結果顯示低劑量的聚六亞甲基胍對細菌外膜有輕微損害，增加了細胞膜的通透性，但未發現細胞有明顯的形態學損傷。高劑量的聚六亞甲基胍則使膜結構塌陷，導致跨膜氣孔形成，嚴重損害細胞內結構，細胞膜破裂，細胞內物質外泄。